แบคทีเรียถือว่าเป็นสาเหตุหลักของการเกิดโรคในสัตว์น้ำ อันส่งผลกระทบต่อธุรกิจเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเป็นอย่างมาก การจำแนกและระบุชนิดของเชื้อ จะทำให้สามารถระบุระดับความรุนแรงและเชื่อมโยงกับความสามารถในการก่อให้เกิดโรคได้ บริการนี้จึงเป็นตัวช่วยเบื้องต้นในการระบุหาสาเหตุของการตายในสัตว์น้ำได้อย่างแม่นยำและรวดเร็ว เพื่อหาทางป้องกันโรคนั้นๆ ได้อย่างถูกต้องและทันท่วงที โดยจะทำการคัดแยกเชื้อแบคทีเรียด้วยเทคนิคทางจุลชีววิทยา (microbiological method) เช่น การย้อมแกรม การศึกษาการดื้อของเชื้อต่อยาปฏิชีวนะ เป็นต้น